โรงเรียนบ้านมะเกลือโนนทอง  จัดตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2475  มีชื่อว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลบ้านกอก 2(วัดเจริญศรีสุข)” โดยมีนายพิมพ์ สีดาวงษ์ เป็นครูใหญ่  ใช้ศาลาวัดเจริญศรีสุขเป็นสถานที่เรียน

ปี พ.ศ. 2501  ชาวบ้านมะเกลือและบ้านโนนทอง  ได้ร่วมกันสร้างอาคารเอกเทศชั่วคราวขึ้นในที่ดินจับจอง  จำนวน  6 ไร่  และได้เปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนบ้านมะเกลือโนนทอง

ปี พ.ศ. 2510  ได้ย้ายมาสร้างอาคารในที่ดินปัจจุบัน จำนวน  75  ไร่  โดยได้รับงบประมาณจากทางราชการ  จำนวน 80,000 บาท และเงินบริจาคชาวบ้านสมทบ จำนวน 20,000  สร้างเป็นอาคารแบบ ป.1ฉ ใต้ถุนเตี้ย

ปี พ.ศ. 2515 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ ป.1 ฉ ใต้ถุนเตี้ย และได้เปิดสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5-7 ตามลำดับ

พ.ศ.  2520 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ ป.1 ฉ ใต้ถุนสูง จำนวน 4 ห้องเรียนและได้รับงบประมาณจากภาษีบำรุงท้องที่ต่อเติมชั้นล่างอีก 4 ห้อง ในปี พ.ศ. 2521

วันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2527 นายอาภรณ์  ชัยภักดี ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่และได้รับอนุมัติกำหนดตำแหน่งเป็นอาจารย์ใหญ่ ในวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2528

พ.ศ. 2529 ได้รับงบประมาณ 200,000 บาท ก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์  แบบ สปช 201/26 จำนวน 1 หลัง พ.ศ. 2537  นายเจดีย์  จำปาทอง ได้ประสนงานกับนายสะอาด  จำปาทอง รับบริจาคจากศิษย์เก่าที่ทำงานอยู่ในต่างประเทศ  จำนวน 200,000  บาท เพื่อปรับปรุงห้องสมุดจนเสร็จสมบูรณ์ 

ปีการศึกษา  2541  ได้รับอนุมัติให้เปิดเป็นโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา ทำการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น

วันที่ 15 ตุลาคม  พ.ศ. 2541  นายสวัสดิ์  ชาวบัวใหญ่ ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทน

นายอาภรณ์  ชัยภักดี ซึ่งเกษียณอายุราชการ และได้รับอนุมัติให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน ในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2543

พ.ศ. 2543  ได้รับงบประมาณ จำนวน 1,370,000  บาท สร้างอาคารเรียน แบบ สปช  205/26 จำนวน 4 ห้องเรียน และสนามบาสเกตบอล

พ.ศ. 2545  คณะกรรมการสถานศึกษาร่วมกับคณะครูได้จัดทำผ้าป่าต่อเติมชั้นล่างของอาคารเรียน จำนวน 101,000 บาท และต่อเติมชั้นล่างเสร็จในปีการศึกษา  2547

วันที่ 9  พฤศจิกายน  พ.ศ. 2553  นายเชิงชาย  วงศ์ลังกา  ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทนนายพิสิษฐ์  มงคลสิทธิรักษ์ (นายสวัสดิ์  ชาวบัวใหญ่)  ซึ่งเกษียณอายุราชการ และได้รับอนุมัติให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน  ในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2553

พ.ศ. 2555 ได้รับงบประมาณ จำนวน  1,976,500   บาท สร้างอาคารเรียน แบบ สปช  104/26 จำนวน 4  ห้องเรียน

พ.ศ. 2557  ได้รับงบประมาณ จำนวน  2,700,000   บาท สร้างอาคารเรียน แบบ สปช  103/26 จำนวน 6  ห้องเรียน

วันที่  11  พฤศจิกายน  พ.ศ.   2559  นายธีระศักดิ์  พลนาคู  ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทนนายเชิงชาย  วงศ์ลังกา  ซึ่งเกษียณอายุราชการ

พ.ศ. 2561  ได้รับเงินบริจาค (เงินผ้าป่า)  จากชาวบ้าน ชุมชน  เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนอนุบาล 2 ห้องเรียน

วันที่ 27 ธันวาคม  พ.ศ.2561 นางอุไร  จงกลาง ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน แทน นายธีระศักดิ์  พลนาคู  ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านขามราษฎร์นุกูล